《阁楼精灵》主要叙述了一群住在阁楼的善良、热衷照顾人类孩子的精灵，后来因为阁楼越来越少，他们不得已要长途迁徙。
巫婆格里格的父母都是巫师，可她一点天赋都没有，所以在魔法学校留级了三百年后，她被开除了。有人告诉她，如果格里格吃掉了阁楼精灵们，她就能变成法力无边的幽灵，反之，她会变成人人唾弃的乌鸦。而恰好阁楼精灵在迁徙的路途中，碰到了巫婆格里格......
格里格将自己变成很小很小的人，坐在车上，她像猎人跟踪猎物似的，一直紧紧跟踪着这个队伍，已经走了七个夜晚，她打算今晚把四个老鼠吃掉，可实在吃不下去，又让他们跑了。
笨蛋巫婆向精灵奶奶倾诉，精灵奶奶答应她等全族到了安全地方，就让格里格吃掉，格里格又和精灵奶奶一起救了小鹳鸟，鹳鸟妈妈带着朋友把她们送到了精灵谷。
到了精灵谷，格里格本质并不邪恶，也不坏，她不忍心吃精灵奶奶，最后却变成了一只乌鸦。与此同时，两只幽灵也尾随他们来到了这里，这里生灵涂炭。精灵奶奶答应每年一次考试，试卷完全相同的两个小精灵就会被他们捉去，成为他们的盘中餐，可没有一个精灵的名字是相同的啊！
阿三抄小西的试卷结果把名字也抄上去了，经过一番波折，阿三和小西逃离了精灵谷，两个幽灵也离开了。
他们暂住在男孩木里家的阁楼上，初来乍到便闹出了乌龙，把猫变成了豹子，阿三和小西找到了“彩色露珠”，也就是巧克力豆，他们愉快地生活在一起。而双眼皮幽灵，似乎也闻到精灵的味道，故事还未完，希望他们永远找不到小精灵吧......